医疗-MCP服务器

Name: 医疗-MCP服务器
Author: pascalwhoop

作者：pascalwhoop7 星标更新：2025-11-21

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

生物学API MCP服务器

集成多个生物和医学数据库用于研究目的的MCP服务器。

快速开始

连接到生产服务器

使用此MCP服务器最简单的方法是连接到生产部署。所有API都通过一个统一端点提供，该端点使您可以在一个地方访问所有工具。

生产URL: https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/unified/mcp

在Cursor（或其他MCP客户端）中配置

在您的.cursor/mcp.json（或等效的MCP客户端配置文件）中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "medical-apis": {
      "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/unified/mcp"
    }
  }
}

您将获得什么

一旦连接，您将可以访问跨越14个生物和医学API的100多种工具：

途径：Reactome、KEGG、Pathway Commons
基因与蛋白质：UniProt、MyGene.info、Node Normalization
变异：MyVariant.info、GWAS Catalog
疾病：OMIM、MyDisease.info
药物：ChEMBL、MyChem.info、OpenFDA
文献：PubMed/PubTator3
临床试验：ClinicalTrials.gov、NCI Clinical Trials
药物再利用手册：结构化策略，用于导航生物医学数据轨迹

示例：搜索基因

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "mygene_get_gene",
    "arguments": {
      "gene_id_or_symbol": "TP53"
    }
  }
}

单独的API端点

如果您希望单独使用各个API，每个API都有自己的端点：

/tools/reactome/mcp - 仅Reactome
/tools/pubmed/mcp - 仅PubMed
/tools/chembl/mcp - 仅ChEMBL
...（详见可用端点）

本地开发

要在本地运行自己的实例，您可以：

使用Docker Compose（推荐快速设置）- 请参阅Docker Compose 设置
直接使用Python/uv - 请参阅运行服务器下方

集成的API

实现的API

Reactome API - 路径信息、基因/蛋白质查询、疾病关联
KEGG API - 路径图、基因注释、疾病和药物信息
UniProt API - 蛋白质序列、功能注释、疾病关联
OMIM API - 遗传疾病信息、基因-疾病关联（需要API密钥）
GWAS Catalog API - 遗传关联、变异信息、研究元数据
Pathway Commons API - 集成路径数据、路径交互、基因/蛋白质网络
Node Normalization API - CURIE标准化、跨数据库标识符映射
ChEMBL API - 药物-靶标相互作用、生物活性数据、作用机制、药物适应症
ClinicalTrials.gov API - 临床试验搜索、研究元数据、试验状态
PubMed/PubTator3 API - 生物医学文献搜索、文章检索、预印本搜索
OpenFDA API - FDA不良事件报告、药物标签、设备事件、药物批准
MyVariant.info API - 遗传变异注释、人群频率、临床意义
BioThings Suite APIs - MyGene.info（基因注释）、MyDisease.info（疾病信息）、MyChem.info（药物/化学数据）
NCI Clinical Trials API - 癌症临床试验搜索和元数据（需要API密钥）
药物再利用手册 - 结构化策略，用于药物再发现（见PLAYBOOKS.md）

安装

方案1：Docker Compose（推荐）

运行MCP后端和SearXNG搜索引擎最简单的方式：

# 启动所有服务并自动重建
make docker-watch

# 或在后台启动
make docker-up

# 查看日志
make docker-logs

# 停止服务
make docker-down

服务将在以下地址可用：

MCP后端：http://localhost:8000
SearXNG：http://localhost:8888

方案2：本地Python安装

# 使用uv同步依赖项
cd /path/to/medical-mcps
uv sync

运行服务器

服务器使用可流式传输的HTTP传输（根据MCP规范）进行远程托管。

运行uv sync之后，您可以运行服务器：

使用Makefile（推荐用于开发）

# 启动服务器并使用uvicorn和livereload（代码更改时自动重新加载）
make server

直接使用uv

# 运行HTTP服务器
uv run mcp-server

# 或自定义主机/端口
MCP_HOST=0.0.0.0 MCP_PORT=8000 uv run mcp-server

直接使用uvicorn

# 使用uvicorn和livereload运行
uv run uvicorn medical_mcps.http_server:app --reload --host 0.0.0.0 --port 8000

HTTP服务器将在http://localhost:8000（或您配置的主机/端口）上可用。

服务器使用MCP SDK的可流式传输的HTTP传输作为FastAPI上的ASGI应用挂载。MCP端点位于/mcp，支持POST（发送JSON-RPC消息）和GET（可选的SSE流）。

连接到生产环境

MCP服务器已部署并可在以下地址访问：

生产基础URL: https://medical-mcps-production.up.railway.app

统一端点（推荐）

使用统一端点来在一个地方访问所有API：

{
  "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/unified/mcp"
}

这将为您提供通过单个连接访问所有100多种工具的所有API的权限。

单独的API端点

如果您希望单独使用各个API，每个API都有自己的端点：

生产：

{
  "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/reactome/mcp"
}

本地开发：

{
  "url": "http://localhost:8000/tools/reactome/mcp"
}

可用端点

所有端点均可在生产和本地URL上访问：

/tools/unified/mcp - 统一服务器（所有API组合）
/tools/reactome/mcp - Reactome API
/tools/kegg/mcp - KEGG API
/tools/uniprot/mcp - UniProt API
/tools/omim/mcp - OMIM API（需要API密钥）
/tools/gwas/mcp - GWAS Catalog API
/tools/pathwaycommons/mcp - Pathway Commons API
/tools/nodenorm/mcp - Node Normalization API
/tools/chembl/mcp - ChEMBL API
/tools/ctg/mcp - ClinicalTrials.gov API
/tools/pubmed/mcp - PubMed/PubTator3 API
/tools/openfda/mcp - OpenFDA API
/tools/myvariant/mcp - MyVariant.info API
/tools/biothings/mcp - BioThings Suite APIs（MyGene、MyDisease、MyChem）
/tools/nci/mcp - NCI Clinical Trials API（需要API密钥）
/tools/playbooks/mcp - 药物再利用手册

示例：在Cursor中配置多个API

选项1：使用统一端点（推荐）

通过一个连接访问所有API：

{
  "mcpServers": {
    "medical-apis": {
      "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/unified/mcp"
    }
  }
}

选项2：使用单独的端点

如果您希望为每个API使用单独的连接：

{
  "mcpServers": {
    "reactome": {
      "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/reactome/mcp"
    },
    "chembl": {
      "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/chembl/mcp"
    },
    "pubmed": {
      "url": "https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/pubmed/mcp"
    }
  }
}

测试连接

您可以通过简单的HTTP请求测试生产服务器是否可访问：

# 测试统一端点（推荐）
curl https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/unified/mcp \
  -X POST \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}, "id": 1}'

# 或测试单独的API端点
curl https://medical-mcps-production.up.railway.app/tools/reactome/mcp \
  -X POST \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}, "id": 1}'

成功的响应表明服务器正在运行且可访问。

HTTP缓存

所有API客户端均使用hishel（符合RFC 9111的HTTP缓存）透明地将响应缓存到磁盘。这减少了冗余API调用并提高了性能。

缓存配置

缓存位置：~/.cache/medical-mcps/api_cache/
缓存持续时间：30天（默认TTL）
缓存刷新：当访问缓存条目时重置TTL（refresh_ttl_on_access=True）
按API缓存文件：每个API有自己的SQLite缓存文件（例如，reactome.db，kegg.db）

缓存行为

自动：默认情况下为所有基于HTTP的API启用缓存
透明：根据URL、参数和头自动缓存响应
RFC 9111合规：遵守HTTP缓存语义和Cache-Control头
缓存可见性：日志显示“（来自缓存）”当提供缓存响应时

禁用缓存

要禁用特定客户端的缓存，在初始化时传递enable_cache=False：

client = ReactomeClient(enable_cache=False)

清除缓存

要清除缓存，请删除缓存目录：

rm -rf ~/.cache/medical-mcps/api_cache/

或者删除单独的API缓存文件：

rm ~/.cache/medical-mcps/api_cache/reactome.db

支持的API

所有基于HTTP的API均支持缓存：

Reactome（httpx）
KEGG（httpx）
UniProt（httpx）
OMIM（httpx）
GWAS Catalog（httpx）
Pathway Commons（httpx）
ClinicalTrials.gov（requests）
PubMed（httpx）
OpenFDA（httpx）
MyVariant.info（httpx）
BioThings Suite（httpx）
NCI Clinical Trials（httpx）

注意：ChEMBL使用库客户端（非HTTP），因此缓存在库级别处理。

使用Sentry监控

服务器包括可选的Sentry集成，用于错误跟踪和性能监控。Sentry自动对MCP工具执行、提示请求和资源访问进行监控。

设置

从sentry.io获取您的Sentry DSN
设置SENTRY_DSN环境变量：

export SENTRY_DSN="https://your-dsn@sentry.io/project-id"

配置

Sentry可以通过环境变量进行配置：

SENTRY_DSN - 您的Sentry DSN（启用Sentry所需）
SENTRY_TRACES_SAMPLE_RATE - 性能追踪的采样率（默认：1.0 = 100%）
SENTRY_SEND_DEFAULT_PII - 包括工具输入/输出在Sentry中（默认：true）
SENTRY_ENABLE_LOGS - 启用向Sentry发送日志（默认：true）
SENTRY_PROFILE_SESSION_SAMPLE_RATE - 分析会话的采样率（默认：1.0 = 100%）
SENTRY_PROFILE_LIFECYCLE - 分析器生命周期模式（默认：trace - 当事务激活时自动运行）
ENVIRONMENT - 环境名称（默认：local）

性能监控：

追踪：默认捕获100%的事务（traces_sample_rate=1.0）
分析：默认分析100%的会话（profile_session_sample_rate=1.0）
日志：默认启用（enable_logs=True）

跟踪的内容

Sentry自动收集：

MCP集成：

工具执行：工具名称、参数、结果和执行错误
提示请求：提示名称、参数和内容
资源访问：资源URI和访问模式
请求上下文：请求ID、会话ID和传输类型
执行跨度：所有处理器调用的时间信息

Starlette集成：

HTTP请求：方法、URL、头、表单数据、JSON有效负载
错误：导致内部服务器错误（5xx状态码）的所有异常
性能：请求时间和事务数据
请求数据：附加到所有事件（除非send_default_pii=True，否则排除PII）

HTTPX集成：

出站HTTP请求：API客户端（Reactome、KEGG、UniProt等）发出的所有HTTP请求
请求跨度：为每个出站HTTP请求创建跨度
跟踪传播：确保跟踪正确传播到下游服务

Asyncio集成：

异步操作：跟踪异步上下文和操作
异步错误：捕获异步函数和任务中的错误

隐私

默认情况下，Sentry不包括工具输入/输出或提示内容（视为PII）。要包含这些数据，请设置SENTRY_SEND_DEFAULT_PII=true。

详情请参阅Sentry MCP集成文档。

API密钥处理

重要：MCP服务器是一个无状态代理。它不会存储API密钥。

需要客户端提供的API密钥的API

对于需要身份验证的API（目前为OMIM），MCP客户端必须在每次工具调用时提供API密钥作为参数：

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "get_entry",
    "arguments": {
      "mim_number": "104300",
      "api_key": "your-omim-api-key-here"
    }
  }
}

需要API密钥的API：

OMIM - 所有工具都需要api_key参数（从https://omim.org/api 获取）
NCI Clinical Trials - 可选的api_key参数（从https://clinicaltrialsapi.cancer.gov/ 获取）
OpenFDA - 可选的api_key参数以提高速率限制（从https://open.fda.gov/apis/ 获取）

不需要API密钥的API：

Reactome、KEGG、UniProt、GWAS Catalog、Pathway Commons、Node Normalization、ChEMBL、ClinicalTrials.gov、PubMed、MyVariant.info、BioThings Suite（MyGene、MyDisease、MyChem）

新API的未来模式

如果新API需要身份验证，请遵循以下模式：

将api_key: str作为所有工具的必需参数
在进行API调用之前验证API密钥的存在
如果缺少密钥，则返回清晰的错误消息：“Error: API key is required. Get your API key from <url>”
根据提供的密钥创建客户端实例：client = APIClient(api_key=api_key)
不要在服务器设置或环境变量中存储API密钥

示例：

@api_mcp.tool()
async def some_tool(param: str, api_key: str) -> str:
    """工具描述。

    参数：
        param: 必需参数
        api_key: API密钥（必需 - 从https://api-provider.com 获取）
    """
    if not api_key:
        return "Error: API key is required. Get your API key from https://api-provider.com"

    try:
        client = APIClient(api_key=api_key)
        return await client.some_method(param)
    except Exception as e:
        return f"Error calling API: {str(e)}"

可用工具

所有工具都以前缀API名称（例如，reactome_*）命名，以便明确使用的API。

Reactome工具

reactome_get_pathway - 获取详细路径信息
reactome_query_pathways - 通过关键词或基因/蛋白质名称查询路径
reactome_get_pathway_participants - 获取路径中的所有参与者
reactome_get_disease_pathways - 获取与疾病相关的路径

KEGG工具

kegg_get_pathway_info - 通过路径ID获取路径信息
`