生物-mcp

Name: 生物-mcp
Author: acashmoney

作者：acashmoney18 星标更新：2025-03-11

项目介绍

BioMCP

BioMCP 是一个模型上下文协议（MCP）服务器，旨在通过增强大型语言模型来分析蛋白质结构。它提供了分析蛋白质活性位点和搜索与疾病相关的蛋白质工具，通过与已建立的蛋白质数据库接口实现。

未来的工作将集中在使代理能够利用 BioMCP。

BioMCP 实现了模型上下文协议，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而无需这些信息成为其训练数据的一部分。该服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构洞察。

BioMCP 提供两个主要工具：

要通过 Smithery 自动安装 BioMCP 到 Claude Desktop：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

# 克隆仓库
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安装依赖
npm install

# 启动服务器
npm start

启动 BioMCP 服务器：
```
npm start
```
在另一个终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：
```
npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
```
启动 MCP Inspector 并连接到本地的 BioMCP 服务器：
```
npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
```
使用 inspector 接口测试工具并查看响应。

构建 BioMCP 服务器：
```
npm run build
```
配置 Claude Desktop 启动 MCP 服务器：

a. 查找你的 Claude Desktop config.json 文件（通常在用户目录下）

b. 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：
```
{
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/your/build/index.js"
      ]
    }
  }
}
```
c. 将 /path/to/your/build 替换为你项目的实际路径。
重启 Claude Desktop 使更改生效。
现在你可以向 Claude 提问，利用 BioMCP 工具：
- "PDB 结构 6LU7 的活性位点的关键残基是什么？"
- "找到与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 可以支持如下查询：

BioMCP 包含一个全面的测试套件，包括单元测试、集成测试和端到端测试。

运行所有测试：

npm test

运行特定的测试套件：

# 单元测试
npm run test:unit

# 集成测试（API 交互）
npm run test:integration

# 端到端测试
npm run test:e2e

检查代码质量：

npm run lint

自动修复代码检查问题：

npm run lint:fix