AACT 临床试验 MCP 服务器

概述

这是一个使用 FastMCP 框架访问 AACT（ClinicalTrials.gov 数据库的聚合分析）数据库的 Model Context Protocol (MCP) 服务器实现。此服务器允许 AI 助手直接查询来自 ClinicalTrials.gov 数据库的临床试验数据。

特性

工具

• list_tables

  • 获取 AACT 数据库中所有可用表的概览
  • 在分析前理解数据库结构非常有用

• describe_table

  • 查看特定 AACT 表的详细结构
  • 显示列名和数据类型
  • 示例：{"table_name": "studies"}

• read_query

  • 在 AACT 临床试验数据库上执行 SELECT 查询
  • 安全处理带有验证的 SQL 查询
  • 示例：{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5", "max_rows": 50}

配置

数据库访问

1. 在 https://aact.ctti-clinicaltrials.org/users/sign_up 创建一个免费账户
2. 设置环境变量：
   • DB_USER: AACT 数据库用户名
   • DB_PASSWORD: AACT 数据库密码

使用与 Claude Desktop

请注意，目前需要 Claude Desktop 和 Claude 订阅。

在文件 claude_desktop_config.json 中添加以下配置之一。（在 macOS 上，该文件位于 /Users/YOUR_USERNAME/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json，如果不存在则需要自行创建）

方案 1：使用发布的包

{
  "mcpServers": {
    "CTGOV-MCP": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "mcp-server-aact"
      ],
      "env": {
        "DB_USER": "USERNAME",
        "DB_PASSWORD": "PASSWORD"
      }
    }
  }
}

方案 2：使用 Docker

只需将以下配置添加到 claude_desktop_config.json 文件中（无需构建）：

{
  "mcpServers": {
    "CTGOV-MCP-DOCKER": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "--env", "DB_USER=YOUR_USERNAME",
        "--env", "DB_PASSWORD=YOUR_PASSWORD",
        "navisbio/mcp-server-aact:latest"
      ]
    }
  }
}

方案 3：从源代码运行（开发）

只需将以下配置添加到 claude_desktop_config.json 文件中（无需构建）：

{
  "mcpServers": {
    "CTGOV-MCP-DOCKER": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "--env", "DB_USER=YOUR_USERNAME",
        "--env", "DB_PASSWORD=YOUR_PASSWORD",
        "navisbio/mcp-server-aact:latest"
      ]
    }
  }
}

示例提示

这里有一些示例提示，可以与这个插件一起使用：

1. "乳腺癌临床试验中最常见的干预措施是什么？"
2. "2023年有多少项三期临床试验完成？"
3. "展示不同国家糖尿病试验的招募统计情况"
4. "过去五年中有多少比例的肿瘤学试验报告了结果？"

故障排除

spawn uvx ENOENT 错误

当系统找不到 uvx 命令时会出现此错误，这可能是因为 uvx 安装在非标准位置（如 ~/.local/bin/）。

潜在解决方案： 更新您的配置以包含完整路径。例如：

{
"mcpServers": {
    "CTGOV-MCP": {
      "command": "/Users/username/.local/bin/uvx",
      "args": [
        "mcp-server-aact"
      ],
      "env": {
        "DB_USER": "USERNAME",
        "DB_PASSWORD": "PASSWORD"
      }
    }
}
}

贡献

我们欢迎贡献！请：

• 在 GitHub 上打开一个问题
• 开始讨论
• 发送邮件至：jonas.walheim@navis-bio.com

致谢

本项目受到了以下项目的启发并基于其代码：

• SQLite MCP 服务器
• DuckDB MCP 服务器
• OpenDataMCP

感谢这些优秀的项目为我们指明方向！ 🙌