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获取-MCP

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作者：longevity-genie19 星标更新：2025-10-27
安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

技术文档摘要

gget-mcp

测试 PyPI版本 Python 3.10+ MIT许可证 代码风格：ruff

MCP（模型上下文协议）服务器用于gget生物信息学库。

gget-mcp 示例

此服务器实现了gget的模型上下文协议（MCP），提供了一个标准化接口来访问强大的生物信息工具和数据库。MCP使AI助手和代理能够通过结构化接口执行复杂的基因组查询。

gget生物信息工具包提供了对基因组数据库的有效查询，并包括以下功能：

  • 基因和序列信息检索
  • BLAST和序列比对
  • 蛋白质结构预测
  • 基因表达分析
  • 功能富集分析
  • 以及更多！

🚀 快速示例：你能做什么？

<details> <summary>查看AI助手如何在实践中使用gget MCP服务器</summary>

👤 用户："分析TP53基因 - 查找其详细信息和蛋白质序列，然后检查癌症突变"

🤖 AI助手：我将帮助您逐步分析TP53：

[使用gget_search] → 在17号染色体上找到TP53 (ENSG00000141510)
[使用gget_info] → TP53是一个编码肿瘤抑制基因
[使用gget_seq并设置translate=True] → 检索到393个氨基酸的蛋白质序列
[使用gget_cosmic] → 发现多个癌症中的热点突变R175H、R248Q、R273H

👤 用户："现在预测这个蛋白质序列的3D结构：MSKGEELFTGVVPILVEL..."

🤖 AI助手：让我分析这个序列：

[使用gget_blast] → 识别为绿色荧光蛋白（GFP）
[使用gget_alphafold] → 预测经典β桶状结构，置信度超过90%

👤 用户："对DNA修复基因进行通路富集分析：TP53、BRCA1、BRCA2、ATM"

🤖 AI助手：[使用gget_enrichr] → 主要通路：DNA损伤反应、同源重组、细胞周期检查点、p53信号传导

看到这有多强大了吗？ 现在你可以用自然语言询问关于基因、序列、突变和通路的问题 - AI会为你完成复杂的生物信息工作！

</details>

关于MCP（模型上下文协议）

<details> <summary>了解更多关于模型上下文协议的信息</summary>

MCP是一种协议，它弥合了AI系统与专业领域工具之间的差距。它使以下成为可能：

  • 结构化访问：直接连接到强大的生物信息工具和数据库
  • 自然语言查询：简化与复杂基因组工作流程的交互
  • 类型安全：通过FastMCP进行强类型和验证
  • AI集成：无缝集成到AI助手和代理中

如果你想了解更多的模型上下文协议是什么以及如何更有效地使用它，可以参加DeepLearning AI课程或在YouTube上搜索MCP视频。

</details>

可用工具

<details> <summary>通过gget实现全面的生物信息功能</summary>

基因信息及搜索

  • gget_search：查找与搜索词相关的Ensembl ID
  • gget_info：获取Ensembl ID的详细信息
  • gget_seq：检索核苷酸或氨基酸序列
  • gget_ref：从Ensembl获取参考基因组信息

序列分析

  • gget_blast：BLAST核苷酸或氨基酸序列
  • gget_blat：查找序列的基因组位置
  • gget_muscle：多序列比对

表达及功能分析

  • gget_archs4：从ARCHS4获取基因表达数据
  • gget_enrichr：进行基因集富集分析

蛋白质结构及功能

  • gget_pdb：从PDB获取蛋白质结构数据
  • gget_alphafold：使用AlphaFold预测蛋白质结构

癌症及突变分析

  • gget_cosmic：搜索COSMIC数据库中的癌症突变

单细胞分析

  • gget_cellxgene：查询CellxGene中的单细胞RNA-seq数据
</details>

快速开始

<details> <summary>安装uv（可选 - uvx可以自动安装）</summary> 
# 下载并安装uv
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# 验证安装
uv --version
uvx --version

uvx是一个非常好的工具，可以在需要时运行一个python包进行安装。

</details>

使用uvx运行

您可以直接使用uvx运行gget-mcp服务器，而无需克隆仓库：

# 在HTTP模式下运行服务器（默认）
uvx gget-mcp http
<details> <summary>其他uvx模式（STDIO、HTTP、SSE）</summary>

STDIO模式（适用于需要标准输入/输出的MCP客户端）

# 在stdio模式下运行服务器
uvx gget-mcp stdio

HTTP模式（Web服务器）

# 在默认端口（3002）上以流式HTTP模式运行服务器
uvx gget-mcp http

# 在特定端口上运行
uvx gget-mcp http --port 8000

SSE模式（服务器发送事件）

# 在SSE模式下运行服务器
uvx gget-mcp sse
</details>

当遇到uvx问题时，通常可以通过清理uv缓存来解决：

uv cache clean

HTTP模式将启动一个Web服务器，您可以在http://localhost:3002/mcp（文档位于http://localhost:3002/docs）访问它。STDIO模式设计用于通过标准输入/输出通信的MCP客户端，而SSE模式使用服务器发送事件进行实时通信。

注意：目前我们没有Swagger/OpenAPI接口，因此直接在浏览器中访问服务器不会显示太多有用信息。要探索可用工具和能力，您应该使用MCP Inspector（见下文）或通过MCP客户端连接以查看可用工具。

配置您的AI客户端（Anthropic Claude Desktop、Cursor、Windsurf等）

我们提供了针对不同用例预配置的JSON文件。这里是一些实际配置示例：

STDIO模式配置（推荐）

对于大多数AI客户端，请使用此配置。当您希望将大型输出文件（如序列、结构、比对）保存到磁盘而不是作为文本返回时，请使用此模式。 创建或更新您的MCP配置文件：

{
  "mcpServers": {
    "gget-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "gget-mcp@latest", "stdio"]
    }
  }
}

HTTP模式配置

对于HTTP模式：

{
  "mcpServers": {
    "gget-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "gget-mcp@latest", "server"]
    }
  }
}

配置视频教程

为了可视化地指导如何配置MCP服务器与AI客户端，查看我们的配置教程视频，该视频是针对我们的姊妹MCP服务器（biothings-mcp）。gget MCP服务器的配置原则完全相同 - 只需使用上面提供的适当JSON配置文件即可。

检查gget MCP服务器

<details> <summary>使用MCP Inspector探索服务器功能</summary>

如果您想检查MCP服务器提供的方法，请使用npx（您可能需要安装nodejs和npm）：

对于使用uvx的STDIO模式：

npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp-config.json --server gget-mcp

您也可以手动运行Inspector并通过界面进行配置：

npx @modelcontextprotocol/inspector

之后，您可以在MCP Inspector中探索工具和资源，通常在6274端口（注意，如果多次运行Inspector，端口可能会改变）。

</details>

与AI系统集成

只需将您的AI客户端（如Cursor、Windsurf、ClaudeDesktop、VS Code with Copilot或其他）指向存储库中的适当配置文件即可。

平台特定设置指南

Claude Desktop + gget_mcp 步骤指南（Windows）

<details> <summary>包含Google Drive集成的综合Windows设置指南</summary>

概述

本指南将引导您在Windows上设置Claude Desktop和gget_mcp扩展，并集成Google Drive。完成后，您将能够使用Claude获取生物数据（如基因序列）并将它们直接保存到Google Drive文件夹中，同时具有离线访问权限。

先决条件

  • 具有管理员访问权限的Windows PC
  • Google账户
  • 稳定的互联网连接

第一步：为桌面设置Google Drive并启用离线访问

  1. 下载并安装Google Drive for Desktop

  2. 启动应用程序并使用您的用户账户登录

  3. 连接您的项目共享Google账户（如有必要）

  4. 为您的工作文件夹配置离线访问：

    • 导航到Google Drive中的工作文件夹
    • 右键点击文件夹（例如“work”或您的项目文件夹）
    • 从上下文菜单中选择**“可用离线”**
    • 这会使文件夹在路径如C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work处可用

    重要：这不同于简单的同步 - 离线访问确保文件本地可用，同时仍然是Google Drive结构的一部分。

第二步：安装Claude Desktop

  1. 下载Claude Desktop的Windows版
  2. 运行安装程序并按照设置向导操作
  3. 使用您的Anthropic/Claude账户登录
  4. 完成初始设置

第三步：安装uv包管理器

  1. 使用以下任一方法安装uv：

    选项A：使用winstall

    选项B：使用PowerShell

    powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

  2. 安装后重新启动终端

第四步：安装Node.js

您可以使用以下任一方法安装Node.js：

选项A：原生安装程序

  1. 访问https://nodejs.org/en/download
  2. 下载Windows安装程序（建议使用LTS版本）
  3. 使用默认设置运行安装程序

选项B：使用Chocolatey

choco install nodejs

两种方法效果相同 - 选择您喜欢的方法。

第五步：验证安装及缓存包

打开命令提示符或PowerShell并运行：

uvx --from gget-mcp@latest stdio

预期行为：

  • 命令应无错误启动
  • 包将被下载并缓存
  • 如果成功运行，则表示配置正确
  • 您可以按Ctrl+C停止它

第六步：配置Claude Desktop

6.1：启用文件系统扩展
  1. 打开Claude Desktop
  2. 转到设置（齿轮图标）
  3. 在左侧边栏中导航到**“扩展”**标签
  4. 启用文件系统扩展
  5. 将您的Google Drive离线文件夹添加到允许的目录中（例如C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work）

注意：文件系统扩展内置在Claude Desktop中，并且底层使用MCP，但由应用程序直接管理。您不需要在JSON文件中配置它。

6.2：添加gget_mcp服务器
  1. 同样方式，转到设置，导航到左侧边栏中的**“开发者”**标签
  2. 在开发者设置标签中，点击**“编辑配置”**按钮
  3. 这将打开claude_desktop_config.json文件
  4. 编辑它并添加gget_mcp服务器配置：
{
  "mcpServers": {
    "gget": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}
  1. 保存配置文件

第七步：重启Claude Desktop

  1. 完全关闭Claude Desktop（检查系统托盘）
  2. 重新启动应用程序
  3. 注意：首次启动时，您可能会遇到超时 - 这是正常的
  4. 如有必要，再次重启Claude Desktop

第八步：确认扩展已激活

  1. 打开Claude Desktop设置
  2. 转到开发者标签
  3. 确认两个组件均已启用：
    • ✅ 文件系统扩展 - 应显示您配置的Google Drive路径，并显示“正在运行”状态
    • ✅ gget MCP服务器 - 应显示“正在运行”状态

第九步：测试设置

现在让我们验证一切是否正常！在Claude Desktop中创建一个新的聊天。 点击“搜索和工具”图标，选择并启用gget_mcp和文件系统

尝试以下提示：

请搜索COL1A1基因，检索其蛋白质序列，
并将其保存到C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work\test_sequences\作为FASTA文件。

预期结果：

  • Claude将使用gget_mcp搜索基因
  • 它将获取序列数据
  • 它将文件保存到指定文件夹
  • 文件将自动同步到Google Drive
  • Claude将能够使用文件系统扩展读取它。

故障排除

MCP服务器无法连接
  • 确保uv和node已在系统PATH中
  • 再次运行步骤5中的验证命令
  • 完全重启Claude Desktop
文件系统权限错误
  • 检查文件系统扩展是否有访问您的Google Drive文件夹的权限
  • 确认文件夹在Google Drive中已启用离线访问
  • 尝试以管理员身份运行Claude Desktop
  • 确认路径正确（使用文件资源管理器中显示的确切路径）
首次启动超时
  • 这是正常的 - 仅需重启Claude Desktop
  • 在发出请求前等待10-15秒
gget命令不起作用
  • 确保网络连接稳定（gget从在线数据库获取数据）
  • 检查gget_mcp服务器在设置中是否显示为“活动”
  • 再次运行步骤5中的验证命令
Google Drive离线访问问题
  • 确认文件夹在Google Drive for Desktop中显示绿色勾号
  • 如果文件未同步，右键点击文件夹并重新启用“可用离线”
  • 检查是否有足够的本地磁盘空间用于离线文件

成功！🎉

如果一切正常，您现在拥有：

  • ✅ 具有MCP功能的Claude Desktop
  • ✅ 通过gget_mcp访问生物数据库
  • ✅ 直接在Google Drive离线文件夹中进行文件操作
  • ✅ 自动云同步所有结果

现在您可以要求Claude获取基因序列、蛋白质数据、执行BLAST搜索，并将所有内容直接保存到具有离线访问权限的Google Drive文件夹中！

示例用例

  • 获取基因序列：“获取BRCA1的DNA序列并保存到我的驱动器”
  • 蛋白质分析：“查找TP53的蛋白质序列并创建markdown报告”
  • 批量操作：“搜索所有与凋亡相关的基因并创建汇总表”
  • 交叉引用：“从Ensembl和UniProt获取COL1A1的信息”

额外资源

指南更新日期：2025年10月13日

</details>

仓库设置

<details> <summary>对于开发人员：克隆并本地运行</summary> 
# 克隆仓库
git clone https://github.com/longevity-genie/gget-mcp.git
cd gget-mcp
uv sync

运行MCP服务器

如果您已经克隆了仓库，可以使用uv运行服务器：

# 在本地启动MCP服务器（HTTP模式）
uv run server

# 或在STDIO模式下启动
uv run stdio

# 或在SSE模式下启动
uv run sse
</details>