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增强自然字符串数据库MCP服务器

增强自然字符串数据库MCP服务器

作者：Augmented-Nature4 星标更新：2025-06-29
安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

STRING DB MCP Server Logo

非官方STRING MCP服务器

这是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问STRING蛋白质相互作用数据库。该服务器通过STRING API提供了强大的工具，用于蛋白质网络分析、功能富集和比较基因组学。

功能

工具（6个综合工具）

  • get_protein_interactions：获取特定蛋白质的直接相互作用伙伴及其置信度得分和证据类型
  • get_interaction_network：构建并分析多个蛋白质的相互作用网络
  • get_functional_enrichment：使用GO术语、KEGG通路和其他注释进行功能富集分析
  • get_protein_annotations：获取详细的蛋白质注释和功能信息
  • find_homologs：在不同物种中查找同源蛋白质以进行比较分析
  • search_proteins：根据名称或标识符跨多个物种搜索蛋白质

资源（6个资源模板）

  • string://network/{protein_ids}：指定蛋白质的相互作用网络数据
  • string://enrichment/{protein_ids}：蛋白质集合的功能富集分析结果
  • string://interactions/{protein_id}：特定蛋白质的直接相互作用伙伴
  • string://homologs/{protein_id}：不同物种中的同源蛋白质
  • string://annotations/{protein_id}：详细的蛋白质注释和功能信息
  • string://species/{taxon_id}：特定物种的数据和蛋白质数量

安装

npm install
npm run build

使用方法

结合Claude Desktop

在你的claude_desktop_config.json中添加：

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

  1. 查找蛋白质相互作用：

    使用get_protein_interactions获取胰岛素（INS）的相互作用伙伴

  2. 构建蛋白质网络：

    使用get_interaction_network构建胰岛素信号蛋白的相互作用网络：INS, INSR, IRS1, AKT1

  3. 功能富集分析：

    对这些与糖尿病相关的蛋白质进行功能富集分析：INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1

  4. 查找蛋白质同源物：

    使用find_homologs查找人类胰岛素（INS）在小鼠和大鼠中的同源物

  5. 搜索蛋白质：

    使用search_proteins查询与胰岛素相关的蛋白质，查询词为"insulin"

  6. 获取蛋白质注释：

    使用get_protein_annotations获取胰岛素受体途径蛋白质的详细注释

  7. 直接访问资源：

    显示资源string://network/INS,INSR,IRS1

API集成

此服务器与STRING数据库API（https://string-db.org/）集成：

  • STRING REST API：用于蛋白质相互作用数据、注释和同源性信息
  • 多物种支持：支持超过5000种生物
  • 证据类型：邻近、融合、共现、共表达、实验、数据库、文本挖掘
  • 置信度评分：相互作用置信度评分为0-1000

主要特点

蛋白质相互作用分析

  • 直接相互作用：查找直接相互作用伙伴
  • 网络构建：构建全面的相互作用网络
  • 证据分类：7种类型的相互作用证据
  • 置信度评分：定量相互作用置信度

功能分析

  • GO富集：基因本体论术语富集
  • KEGG通路：代谢和信号通路分析
  • 自定义背景：使用自定义蛋白质集合作为背景
  • 统计显著性：P值和FDR校正

比较基因组学

  • 跨物种分析：在不同物种中查找同源物
  • 进化关系：分析蛋白质进化
  • 物种过滤：专注于特定的分类群
  • 直系同源物识别：区分直系同源物和旁系同源物

网络属性

  • 拓扑分析：网络密度、聚类、连接性
  • 中心节点识别：查找高度连接的蛋白质
  • 模块检测：识别蛋白质复合物和模块
  • 路径分析：查找蛋白质之间的最短路径

补充服务器

此STRING服务器与以下服务器配合良好：

  • UniProt MCP服务器：用于蛋白质序列和详细的功能注释
  • PDB MCP服务器：用于蛋白质结构和结构分析
  • AlphaFold MCP服务器：用于预测的蛋白质结构

这些服务器共同提供全面的蛋白质分析：序列 → 结构 → 相互作用 → 功能

数据质量与验证

  • 整理的数据：STRING结合了整理过的数据库和计算预测
  • 证据整合：使用概率框架整合多种证据类型
  • 定期更新：数据库定期更新新的实验数据
  • 质量评分：每个相互作用都有关联的置信度评分

错误处理

服务器包括对以下情况的健壮错误处理：

  • 无效的蛋白质标识符
  • 网络连接问题
  • API速率限制
  • 物种验证
  • 参数验证
  • 格式错误的请求

开发

# 安装依赖
npm install

# 构建服务器
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

致谢

该项目由Augmented Nature开发 🌐 网站：augmentednature.ai

关于STRING数据库：STRING是一个已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用数据库。这些相互作用包括直接（物理）和间接（功能）关联；它们源自计算预测、跨生物的知识转移以及从其他（原始）数据库聚合的相互作用。

引用

如果你在研究或出版物中使用了这个项目，请按照以下方式引用它：

author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}