bioRxiv MCP Server

🔍 使AI助手能够通过简单的MCP接口搜索并访问bioRxiv论文。

bioRxiv MCP Server通过模型上下文协议（MCP）在AI助手与bioRxiv预印本存储库之间建立桥梁。它允许AI模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

🤝 贡献 • 📝 报告错误

✨ 核心功能

• 🔎 论文搜索：使用关键词或高级搜索查询bioRxiv论文 ✅
• 🚀 高效检索：快速访问论文元数据 ✅
• 📊 元数据访问：获取特定论文的详细元数据 ✅
• 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析 ✅
• 📄 论文访问：下载并阅读论文内容 📝
• 📋 论文列表：查看所有已下载的论文 📝
• 🗃️ 本地存储：论文保存在本地以实现更快访问 📝
• 📝 研究提示：一组用于论文分析的专业提示 📝

🚀 快速开始

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCP 库

安装

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. 安装所需依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

通过Smithery安装

要通过Smithery自动安装bioRxiv Server for Claude Desktop：

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

将以下内容粘贴到设置 → Cursor 设置 → MCP → 添加新服务器：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

使用Claude Desktop

将此配置添加到您的claude_desktop_config.json中：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows版本）：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

使用Cline

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 使用方法

启动MCP服务器：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP工具

bioRxiv MCP Server提供以下工具：

1. search_biorxiv_key_words：使用关键词搜索bioRxiv上的文章。
2. search_biorxiv_advanced：使用多个参数对bioRxiv上的文章进行高级搜索。
3. get_biorxiv_metadata：使用DOI获取bioRxiv文章的元数据。

搜索论文

您可以要求AI助手使用如下查询搜索论文：

你能帮我搜索最近关于基因组学的bioRxiv论文吗？

获取论文详情

一旦您有了DOI，可以请求更多细节：

你能给我展示一下DOI为10.1101/123456的论文的元数据吗？

📁 项目结构

• biorxiv_server.py：主要的MCP服务器实现，使用FastMCP
• biorxiv_web_search.py：包含搜索bioRxiv的网络抓取逻辑

🔧 依赖项

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 贡献

欢迎贡献！请随意提交Pull Request。

📄 许可证

本项目采用MIT许可证。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请尊重bioRxiv的服务条款，并负责任地使用此工具。