MCP Simple PubMed

这是一个通过Entrez API提供PubMed文章访问的MCP服务器。

<a href="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj"><img width="380" height="200" src="https://gips1.baidu.com/it/u=1475889392,656889047&fm=3081&app=3081&f=PNG?w=760&h=400" alt="mcp-simple-pubmed MCP服务器" /></a>

功能

• 使用关键词搜索PubMed数据库
• 访问文章摘要
• 当全文可用时下载（对于直接在PubMed上可获取的开放访问文章）

请注意，该工具返回的是全文的XML化版本。这比“人类可读”的文本更有用，因为它为AI提供了关于文档结构的额外信息。至少这是Claude 3.5 Sonnet所说的他更喜欢的方式。

还请注意，此工具和其他工具可能无法提供论文全文，并不一定是因为全文不可用。在测试此工具时，我遇到了一篇在PubMed上没有全文的论文，当Claude通过DOI获取出版物URL并使用fetch访问时，他收到了一个“禁止”错误。然而，我能够使用常规浏览器访问同一页面。

换句话说，如果您的AI助手使用此工具无法获取论文全文，建议您手动尝试使用常规网络浏览器访问。

最后，这个工具当然不能为您提供付费墙/付费论文的访问权限。您可以通过图书馆访问阅读它们，或者作为最后手段，通过某个致力于使公共资助的研究自由获取的网站来阅读。

安装

通过Smithery安装

要通过Smithery自动安装Simple PubMed for Claude Desktop：

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手动安装

pip install mcp-simple-pubmed

配置

服务器需要以下环境变量：

• PUBMED_EMAIL：您的电子邮件地址（NCBI要求）
• PUBMED_API_KEY：用于更高请求限制的可选API密钥

标准请求限制是每秒3次请求。未实现速率限制，因为在典型使用场景中，您的AI不太可能生成更多流量。如果您需要它，可以注册API密钥，这将给您每秒10次请求的限制。有关更多信息，请参阅NCBI页面。

在Claude Desktop上的使用

添加到您的Claude Desktop配置文件（claude_desktop_config.json）：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL证书修复

如果您在macOS上遇到SSL证书验证错误（例如 [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain），您需要安装正确的证书包：

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

将 3.13 替换为您所使用的Python版本号。此脚本随来自python.org的Python安装一起提供。

您也可以从Finder运行它：

如果您在Claude Desktop打开的情况下进行此更改，则需要退出并重新启动以使其生效。

许可证

MIT许可证