Biomart MCP

与Biomart交互的MCP服务器

模型上下文协议（Model Context Protocol，简称MCP） 是一个开放协议，标准化了应用程序如何向由 Anthropic 开发的语言模型提供上下文。这里我们使用 MCP Python SDK 创建了一个MCP服务器，该服务器通过 pybiomart 包与Biomart进行交互。

有一个简短的 演示视频，展示了Biomart MCP服务器在Claude Desktop上的运行情况。

安装

通过Smithery安装

要通过 Smithery 自动安装Biomart MCP到Claude Desktop：

npx -y @smithery/cli install @jzinno/biomart-mcp --client claude

克隆仓库

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

Claude Desktop

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

Cursor

通过Cursor的代理模式，其他模型也可以利用MCP服务器，例如来自OpenAI或DeepSeek的模型。点击Cursor设置齿轮图标并导航至MCP，可以将其添加到全局配置中，或者通过在项目中添加.cursor/mcp.json文件将其添加到项目范围。

示例 .cursor/mcp.json：

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

Glama

<a href="https://glama.ai/mcp/servers/v5a3mlxviu"> <img width="380" height="200" src="https://gips0.baidu.com/it/u=1459076361,1803534098&fm=3081&app=3081&f=PNG?w=760&h=400" alt="Biomart MCP服务器" /> </a>

开发

# 创建虚拟环境
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync # 或者 uv add mcp[cli] pybiomart

# 在开发模式下运行服务器
mcp dev biomart-mcp.py

功能

Biomart-MCP提供了多个工具来与Biomart数据库交互：

• Mart和数据集发现：列出可用的Mart和数据集以探索Biomart数据库结构
• 属性和过滤器探索：查看特定数据集的常用或所有可用属性和过滤器
• 数据检索：使用特定属性和过滤器查询Biomart以获取生物数据
• ID转换：在不同的生物标识符之间进行转换（例如，基因符号到Ensembl ID）

贡献

欢迎提交拉取请求！一些关于开发的小提示：

• 我们仅在这里使用 @mcp.tool()，这是为了最大限度地兼容支持MCP的客户端，如 文档 所示。
• 我们使用 @lru_cache 来缓存计算成本高或调用外部API的函数的结果。
• 需要注意不要超出模型的上下文窗口大小，例如你会看到许多地方有 df.to_csv(index=False).replace("\r", "")。这种CSV风格的返回比 df.to_string() 更节省token，因为后者大多数token都是空白字符。同时也要注意，从染色体中提取所有基因或类似的大请求也会超出上下文窗口。

潜在未来功能

当然还有很多可以添加的功能，有些可能超出了名称 biomart-mcp 的范围。这里有一些想法：

• 添加使用 bs4 进行网页抓取的功能，例如我们得到了NOTCH1的Ensembl基因ID，那么在某些情况下，抓取UniProtKB页面上的“评论和描述文本”部分可能会很有用，可以从 UCSC的页面 获取。
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