星战科技xingzhan.cloud
返回市场
知识库-mcp

知识库-mcp

作者：biocontext-ai15 星标更新：2025-11-21
安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

BioContextAI - 知识库MCP

BioContextAI - 注册表 版本 许可证 uv Ruff pre-commit GitHub CI codecov

一个用于生物医学研究的模型上下文协议（MCP）服务器，提供人工智能系统与生物医学资源之间的标准化连接层。文档和使用指南可在：https://biocontext.ai 获取。

概览

BioContextAI 知识库MCP 是一个针对常见生物医学资源的MCP服务器实现，使代理大型语言模型（LLMs）能够检索验证信息并执行特定领域的任务。与需要为每个资源进行自定义集成的传统方法不同，BioContextAI KB MCP通过模型上下文协议提供了一个统一的访问层，实现了AI系统与领域特定数据源之间的互操作性。

知识库MCP以以下两种形式提供：

[!警告] 如果可能，我们建议您在本地运行BioContextAI知识库MCP，以避免速率限制并确保依赖远程托管的应用程序的服务可用性。

知识库MCP是更广泛的BioContextAI项目的一部分。BioContextAI注册表列出了公开生物医学数据库和分析工具的社区服务器，为社区提供了工具发现和分发的资源。注册表索引可以在：https://biocontext.ai/registry 找到。

实现的工具

BioContextAI知识库MCP暴露了一系列外部生物医学API。您可以将BioContextAI视为您的LLM浏览器，允许它跨这些知识库查找相关信息。请确保在使用BioContextAI知识库MCP时遵守各服务的使用限制（例如，速率限制）。如果您在研究中使用了这些服务的数据，请务必引用BioContextAI以及相应的数据源/工具。

[!警告] 通过这些API访问的数据不受BioContextAI知识库MCP许可的保护。您有责任确保您的数据使用符合许可实践。

工具

  • 抗体注册表 - 基因ID转换
  • bioRxiv/medRxiv - 最新预印本搜索和元数据访问
  • Ensembl - 基因ID转换
  • EuropePMC - 文献搜索和全文访问
  • Google Scholar - 学术出版物和作者搜索（由于速率限制，仅限本地使用）
  • InterPro - 蛋白质家族、域和功能位点分类
  • KEGG - 通路、基因和药物相互作用数据库（由于许可限制，仅限本地使用）
  • OpenTargets - 目标-疾病关联
  • PanglaoDB - 单细胞RNA测序细胞类型标记
  • PRIDE - 质谱数据的蛋白质组学数据存储库
  • 蛋白质图谱 - 蛋白质表达数据
  • Reactome - 通路数据库
  • STRING - 蛋白质-蛋白质相互作用网络
  • AlphaFold DB - 三级蛋白质结构预测

OpenAPI MCP服务器

FastMCP 允许轻松地将遵循OpenAPI规范的REST端点转换为MCP服务器。我们添加了代码，基于配置文件提供的模式自动创建此类服务器，因此部署自己版本的BioContextAI的用户可以轻松扩展可用工具列表。配置文件位于 src/biocontext_kb/openapi/config.yaml。默认情况下不包含任何OpenAPI服务器，但您可以编辑配置文件来添加服务。

安装

  1. 使用Claude Desktop的本地设置：

编辑您的 claude_desktop_config.json 文件。要找到它，请点击您的名字，然后点击“设置”。接下来，点击“开发者”，查看“本地MCP服务器”，然后点击“编辑配置”。

{
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "uvx", // 在Mac上，使用 "brew install uv"
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
      "env": {
        "UV_PYTHON": "3.12"
      }
    }
  }
}

[!警告] 不要忘记重启Claude以应用更改。

  1. 使用 uv 的本地设置

使用流式HTTP和uvicorn运行服务器：

export MCP_ENVIRONMENT=PRODUCTION && export PORT=8000 && uvx biocontext_kb

使用stdio传输运行服务器：

export MCP_ENVIRONMENT=DEVELOPMENT && uvx biocontext_kb
  1. 使用IDE的本地设置

更改您的编码代理的配置文件，例如VS Code（.vscode/mcp.json）、Cursor（.cursor/mcp.json）或WindSurf（.codeium/windsurf/mcp_config.json）：

{
  // VS Code: 使用 "servers" 而不是 "mcpServers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      // 如果不起作用，替换为 `which uvx` 路径（推荐在macOS上通过Homebrew安装）
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
    }
  }
}

当使用Windows和WSL2时，上述配置需要做如下调整：

{
  // VS Code: "servers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "wsl",
      "args": [
        "~/.local/bin/uvx", // 设置为您的 `uvx` 路径
        "biocontext_kb"
      ]
    }
  }
}
  1. Docker

克隆此仓库的最新版本：

git clone https://github.com/biocontext-ai/knowlegebase-mcp.git
cd knowlegebase-mcp

然后构建容器，运行gunicorn和多个uvicorn工作者：

# 构建docker容器
docker build -t biocontext_kb:latest .
docker run -p 127.0.0.1:8000:8000 biocontext_kb:latest

这将公开您的MCP服务器于：http://127..0.1:8000/mcp/

[!警告] 对于公共部署，您应该禁用不必要的端口并通过反向代理（如Nginx或Caddy）访问您的MCP服务器。您还可以配置运行用户和目录权限，使用无root设置的Docker或podman，并采取额外的安全措施，如使用Cloudflare或fail2ban进行DDoS防护。

MCP客户端

为了开发自己的利用MCP服务器的代理系统，您可以考虑以下一些选项：

发布与文档

您可以在Nature Biotechnology上找到我们的通信文章。

如果我们的工作对您的研究有用，请按照以下方式引用它。

@article{BioContext_AI_Kuehl_Schaub_2025,
  title={BioContextAI 是代理生物医学系统的社区中心},
  url={http://dx.doi.org/10.1038/s41587-025-02900-9},
  urldate = {22025-11-06},
  doi={10.1038/s41587-025-02900-9},
  year = {2025},
  month = nov,
  journal={Nature Biotechnology},
  publisher={Springer Science and Business Media LLC},
  author={Kuehl, Malte and Schaub, Darius P. and Carli, Francesco and Heumos, Lukas and Hellmig, Malte and Fernández-Zapata, Camila and Kaiser, Nico and Schaul, Jonathan and Kulaga, Anton and Usanov, Nikolay and Koutrouli, Mikaela and Ergen, Can and Palla, Giovanni and Krebs, Christian F. and Panzer, Ulf and Bonn, Stefan and Lobentanzer, Sebastian and Saez-Rodriguez, Julio and Puelles, Victor G.},
  year={2025},
  month=nov,
  language={zh},
}

更多资源

许可证

该项目根据Apache许可证2.0发布 - 详情请参阅LICENSE文件。

[!警告] Apache 2.0许可证仅适用于本仓库提供的代码。对于单独集成的API的使用限制和许可证，用户应直接参考各自的API提供商。我们在下文中提供了一个概述。

数据来源和许可证

数据来源许可证URL备注
AlphaFold (EMBL-EBI)CC BY 4.0https://alphafold.ebi.ac.uk/
抗体注册表 (RRIDs)CC0 (元数据：CC-NC)https://www.antibodyregistry.org/faq部分元数据存在商业使用限制
bioRxiv/medRxivCC BY 4.0https://www.biorxiv.org/about/FAQ预印本内容许可证各异
ClinicalTrials.gov API服务条款https://clinicaltrials.gov/about-site/terms-conditions需要归因
Ensembl无限制*https://www.ensembl.org/info/about/legal/disclaimer.html*部分第三方数据可能存在限制
EuropePMC各种/版权保护https://europepmc.org/Copyright各篇文章许可证各异
Google Scholar服务条款https://scholar.google.com/intl/en/scholar/terms.html速率限制；请负责任使用
Grants.gov API服务条款https://www.grants.gov/api/terms-conditions需要归因
人类蛋白质图谱CC BY-SA 4.0https://www.proteinatlas.org/about/licence
InterProCC0 1.0 Universalhttps://www.ebi.ac.uk/interpro/包括InterPro、Pfam、PRINTS和SFLD数据
KEGG专有（免费学术使用）https://www.kegg.jp/kegg/legal.html商业服务/远程托管不允许
本体查找服务 (EMBL-EBI)通常为CC0/CC BYhttps://www.ebi.ac.uk/licencing/参考EMBL-EBI通用许可
Open TargetsCC0 1.0https://platform-docs.opentargets.org/licence
OpenFDACC0 1.0 Universal*https://open.fda.gov/license/*部分数据可能存在限制
PanglaoDB公共数据https://panglaodb.se/about.html所有数据均为公共数据
PRIDECC0/CC BY 4.0*https://www.ebi.ac.uk/pride/markdownpage/license*从2018年6月起的数据集为CC0，衍生资源为CC BY 4.0
ReactomeCC0https://reactome.org/license
STRINGCC BY 4.0https://string-db.org/cgi/access?footer_active_subpage=licensing
UniProtCC BY 4.0https://www.uniprot.org/help/license

免责声明

用户独自负责确保在通过此MCP服务器访问数据时遵守所有适用的许可条款和条件。 上述列出的许可证和条款可能会发生变化，某些数据集或出版物可能有额外的引用要求。在将任何数据用于商业目的、重新分发或出版之前，请直接从每个数据源审查当前的许可条款。某些数据源可能有未在此总结中完全捕获的附加限制。

特别针对KEGG数据，请注意，虽然学术使用是允许的，但在其专有许可条款下，使用KEGG数据提供商业服务或远程托管是不允许的。