国家生物技术信息中心-MCP服务器

Name: 国家生物技术信息中心-MCP服务器
Author: noahzeidenberg

作者：noahzeidenberg3 星标更新：2025-09-25

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

NCBI 模型上下文协议 (MCP)

这是一个用于与NCBI数据库交互的Model Context Protocol的Python实现。

安装

克隆此仓库
安装依赖项：
```
pip install -r requirements.txt
```

创建一个.env文件并添加您的NCBI API密钥：

NCBI_API_KEY=your_api_key_here
NCBI_EMAIL=your_email@example.com

运行MCP服务器

python ncbi_mcp.py

使用Cursor/Claude

一旦MCP服务器运行起来，您就可以通过Cursor/Claude中的自然语言与其进行交互。

使用自然语言查询

您可以使用自然语言来执行搜索并检索信息：

tools/call
{
  "name": "nlp-query",
  "arguments": {
    "query": "查找关于BRCA1的研究文章"
  }
}

或者更简单地，直接使用查询：

@ncbi-mcp 查找关于BRCA1的研究文章

自然语言查询示例

这里有一些可以尝试的自然语言查询示例：

基因功能信息：
```
@ncbi-mcp 请总结TNF-alpha的功能
```

基因组大小和统计信息：

@ncbi-mcp 酵母菌Saccharomyces cerevisiae的基因组有多大？

组装统计信息：

@ncbi-mcp 最新的大肠杆菌基因组报告的L50和N50统计数据是什么？

数据集数量：

@ncbi-mcp 在生物样本数据库中，b16f10小鼠黑色素瘤细胞有多少可用的数据集？

科学文章搜索：

@ncbi-mcp 查找最新的关于COVID-19疫苗的研究

获取基因信息：

@ncbi-mcp 告诉我关于BRCA1基因的信息

获取基因组信息：
```
@ncbi-mcp 获取人类基因组信息
```

测试

要使用各种查询测试MCP服务器，您可以使用包含的测试文件：

# 测试自然语言查询功能（默认）
.\run_test.bat

# 测试所有工具
.\run_test.bat all

# 测试特定测试文件
.\run_test.bat test_all_tools.jsonl

# 测试高级工具
.\run_test.bat test_high_level_tools.jsonl

测试脚本会：

在后台启动MCP服务器
从指定文件发送测试请求
等待几秒钟以允许处理
终止服务器并显示输出

这种方法被采用是因为MCP服务器设计为作为服务持续运行。对于手动测试且不自动终止，您可以使用：

# 使用任何测试文件手动运行
type test_nlp_query.jsonl | python ncbi_mcp.py

测试文件包含模拟Cursor/Claude如何与MCP服务器交互的示例JSON-RPC请求。

可用工具

NCBI MCP提供了既能理解自然语言的高级工具，也有用于直接数据库交互的低级工具。

工具使用指南（LLMs）

工具选择指南

高级工具（推荐给大多数用户）：

nlp-query：用于一般的生物学问题、复杂的查询以及当您不确定使用哪个工具时
summarize-gene：用于全面的基因分析和理解基因功能
genome-stats：用于基因组大小、组装质量及有机体比较
count-datasets：用于研究规划和数据可用性评估
get_gene_info：用于详细的、结构化的基因信息
get_genome_info：用于详细的、结构化的基因组信息

低级E-utilities工具（适用于高级用户）：

ncbi-search (ESearch)：用于具有特定过滤器、布尔运算符和字段限定符的精确数据库搜索
ncbi-fetch (EFetch)：在搜索后检索完整记录，支持多种格式（GenBank、FASTA、XML）
ncbi-summary (ESummary)：用于获取文档摘要而不需检索完整记录
ncbi-link (ELink)：用于在数据库之间查找相关记录（例如，基因到蛋白质，蛋白质到结构）
ncbi-info (EInfo)：用于发现可用的数据库及其能力
ncbi-global-query (EGQuery)：用于同时搜索所有数据库
ncbi-spell (ESpell)：用于搜索词的拼写建议
ncbi-citation-match (ECitMatch)：用于根据引文信息查找PMID

生物学背景和术语

了解NCBI数据库：

Gene：包含基因记录，包括符号、名称、功能和基因组位置
Protein：包含蛋白质序列和注释
Nucleotide：包含DNA/RNA序列（基因、转录本、基因组区域）
PubMed：包含科学文献和出版物
BioSample：包含生物样本元数据（组织、细胞系等）
BioProject：包含研究项目信息
SRA：包含原始测序数据
Assembly：包含基因组组装信息

常见的生物学术语：

基因符号：短缩写（如BRCA1、TP53、TNF）
基因ID：唯一的NCBI标识符（如BRCA1的672）
访问号：唯一的序列标识符（如NM_001126114.3）
N50/L50：组装质量指标（较大的N50表示更好的组装）
参考基因组：代表物种的高质量基因组
有机体：使用科学名称（Homo sapiens）或通用名称（人类）

搜索策略：

使用具体的基因符号以获得精确的结果
包含有机体名称以避免歧义
使用布尔运算符（AND、OR、NOT）进行复杂搜索
使用字段限定符如[Gene]、[Organism]、[Protein Name]进行有针对性的搜索

高级工具

自然语言查询处理器

tools/call
{
  "name": "nlp-query",
  "arguments": {
    "query": "请总结TNF-alpha的功能"
  }
}

基因汇总器

tools/call
{
  "name": "summarize-gene",
  "arguments": {
    "gene_name": "BRCA1"
  }
}

基因组统计

tools/call
{
  "name": "genome-stats",
  "arguments": {
    "organism": "Escherichia coli"
  }
}

数据集计数器

tools/call
{
  "name": "count-datasets",
  "arguments": {
    "database": "biosample",
    "query": "mouse melanoma b16f10"
  }
}

低级工具

搜索NCBI数据库

tools/call
{
  "name": "ncbi-search",
  "arguments": {
    "database": "pubmed",
    "term": "BRCA1",
    "filters": {
      "organism": "Homo sapiens",
      "date_range": {
        "start": "2020"
      }
    }
  }
}

获取NCBI记录

tools/call
{
  "name": "ncbi-fetch",
  "arguments": {
    "database": "gene",
    "ids": ["70"],
    "rettype": "gb"
  }
}

获取基因信息

tools/call
{
  "name": "get_gene_info",
  "arguments": {
    "gene_id": "672"
  }
}

获取基因组信息

tools/call
{
  "name": "get_genome_info",
  "arguments": {
    "organism": "Homo sapiens",
    "reference": true
  }
}

许可证

Apache-2.0