分子动力学模拟-MCP
项目介绍
PyMOL-MCP：将PyMOL与Claude AI集成
PyMOL-MCP通过模型上下文协议（MCP）将PyMOL连接到Claude AI，使Claude能够直接与PyMOL进行交互和控制。这种强大的集成允许通过自然语言进行对话式的结构生物学、分子可视化和分析。
https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36
特性
- 双向通信：通过基于套接字的服务器连接Claude AI与PyMOL
- 智能命令解析：对PyMOL命令进行自然语言处理
- 分子可视化控制：操作表示形式、颜色和视图
- 结构分析：执行测量、对齐和其他分析
- 代码执行：从Claude在PyMOL中运行任意Python代码
安装指南
预备条件
- 系统上已安装PyMOL
- Claude桌面版
- Python 3.10或更高版本
- Git
第一步：安装UV包管理器
在macOS上：
brew install uv
在Windows上：
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%
对于其他平台，请访问UV安装指南。
第二步：克隆仓库
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp
第三步：设置环境
创建并激活一个Python虚拟环境：
python -m venv venv
在macOS/Linux上：
source venv/bin/activate
在Windows上：
venv\Scripts\activate
第四步：安装依赖项
在激活虚拟环境后：
pip install mcp
第五步：配置Claude桌面
- 打开Claude桌面
- 转到Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置
- 这将打开
claude_desktop_config.json文件 - 添加MCP服务器配置：
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "[你的venv python完整路径]",
"args": ["[pymol_mcp_server.py完整路径]"]
}
}
}
例如：
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
"args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
}
}
}
注意：使用系统上的实际完整路径。在Windows上，使用正斜杠(/)而不是反斜杠。
第六步：安装PyMOL插件
- 打开PyMOL
- 转到插件 → 插件管理器
- 点击“安装新插件”标签
- 选择“选择文件...”并导航到克隆的仓库
- 选择
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件 - 点击“打开”并按照提示安装插件
使用方法
启动连接
-
在PyMOL中：
- 转到插件 → PyMOL MCP套接字插件
- 点击“开始监听”
- 状态应更改为“正在9876端口监听”
-
在Claude桌面中：
- 当聊天时，工具部分应出现锤子图标
- 点击它以访问PyMOL工具
示例命令
这里有一些你可以要求Claude执行的例子：
- “加载PDB 1UBQ并显示为卡通”
- “按二级结构给蛋白质着色”
- “用棍状表示法突出活性位点残基”
- “对齐两个结构并显示它们的不同之处”
- “计算这两个残基之间的距离”
- “保存此视图为高分辨率图像”
故障排除
- 连接问题：确保在尝试从Claude连接之前，PyMOL插件正在监听
- 命令错误：检查PyMOL输出窗口中的任何错误消息
- 插件未出现：重新启动PyMOL并检查插件是否正确安装
- Claude无法连接：验证Claude配置文件中的路径是否正确
限制及注意事项
- 套接字连接需要PyMOL和Claude在同一台机器上运行
- 某些复杂操作可能需要分解成更简单的步骤
- 使用实验功能前请务必保存工作
- 加入我们的Bio-MCP社区以解决故障、提供反馈并改进Bio-MCPS！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA
贡献
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许可证
本项目采用MIT许可证——详情见LICENSE文件。