ols-mcp服务器

Name: ols-mcp服务器
Author: seandavi

作者：seandavi18 星标更新：2025-07-17

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

OLS MCP 服务器

大型语言模型在处理本体时通常表现不佳，经常会出现术语或其标识符的幻觉。此服务器提供了一种可靠的方式来访问和查询本体，确保信息准确且最新。

说话的本体

此仓库包含一个模型上下文协议（MCP）服务器，该服务器提供了对本体查找服务（OLS） API的访问。此服务器使AI助手能够搜索并检索来自各种生物医学本体的本体术语、概念和层次结构。

此服务器旨在与像Claude Desktop这样的AI助手无缝协作，允许用户使用自然语言查询本体。它支持广泛的本体，包括基因本体（GO）、人类表型本体（HP）等。

在Claude Desktop中运行的mcp服务器。

没有（图像下方的上半部分）和启用mcp服务器（图像下方的下半部分）：

在Claude Desktop中有无mcp服务器。

功能

OLS MCP 服务器提供以下工具：

🔍 搜索术语：跨本体灵活过滤搜索术语
📚 搜索本体：发现可用的本体及其元数据
ℹ️ 获取本体信息：检索特定本体的详细信息
🎯 获取术语信息：获取特定术语的全面细节
🌳 获取术语子项：找到本体层次结构中的直接子项
👨‍👩‍👧‍👦 获取术语祖先：检索父项和祖先
🤖 查找相似术语：使用LLM嵌入发现语义相似的术语

支持的本体

服务器可以与通过EBI本体查找服务提供的任何本体一起工作，包括：

GO（基因本体）
EFO（实验因子本体）
HP（人类表型本体）
MONDO（Monarch疾病本体）
ChEBI（具有生物学意义的化学实体）
UBERON（Uber解剖学本体）
以及更多...

安装

预备条件

Python 3.12 或更高版本
uv 包管理器

安装 uv（如果尚未安装）

# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Windows
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

安装 OLS MCP 服务器

# 克隆仓库
git clone https://github.com/seandavi/ols-mcp-server.git
cd ols-mcp-server

# 安装依赖
uv sync

# 作为工具安装（可选）
uv tool install .

配置

Claude Desktop 配置

要将此服务器与Claude Desktop一起使用，请向您的Claude Desktop配置文件添加以下配置：

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "ols-mcp-server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "tool",
        "run",
        "ols-mcp-server"
      ],
      "env": {}
    }
  }
}

替代配置（如果已作为工具安装）

如果您已将服务器作为uv工具安装，您可以使用这个更简单的配置：

{
  "mcpServers": {
    "ols-mcp-server": {
      "command": "ols-mcp-server",
      "args": [],
      "env": {}
    }
  }
}

使用示例

一旦与Claude Desktop配置好，您就可以使用自然语言与OLS API交互：

搜索术语

"搜索人类表型本体中与糖尿病相关的术语"

"在基因本体中查找所有包含'凋亡'的术语"

获取本体信息

"告诉我关于基因本体的信息"

"有哪些可用于化学化合物的本体？"

探索术语层次结构

"显示GO中术语'metabolic process'的子项"

"HP:0000118的祖先术语是什么？"

查找相似术语

"在基因本体中查找与'心脏发育'相似的术语"

开发环境设置

设置开发环境

克隆仓库：

git clone <repository-url>
cd ols-mcp-server

安装依赖：
```
uv sync --extra dev
```

激活虚拟环境：

source .venv/bin/activate  # macOS/Linux
# 或
.venv\Scripts\activate     # Windows

代码质量

# 格式化代码
uv run ruff format

# 检查代码
uv run ruff check

# 类型检查
uv run mypy src/

添加新功能

在 src/ols_mcp_server/server.py 中使用 @mcp.tool() 装饰器添加新工具
在 src/ols_mcp_server/models.py 中创建模型以获得结构化的响应
更新测试以覆盖新功能
更新文档如有需要

API 文档

服务器与EBI本体查找服务API v2进行交互。关键端点：

搜索：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search
本体：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies
术语：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/terms
层次结构：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies/{ontology}/classes/{term}/children

故障排除

常见问题

未找到服务器：确保在Claude配置中服务器路径正确
权限错误：确保服务器脚本是可执行的
网络错误：检查您的互联网连接和防火墙设置
Python 版本：确保您使用的是Python 3.12或更高版本

贡献

分叉仓库
创建功能分支：git checkout -b feature-name
进行更改
运行测试：uv run pytest
格式化代码：uv run ruff format
提交拉取请求

致谢

EBI 本体查找服务提供API
FastMCP 提供MCP框架
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